O segundo álbum, The Cross of Changes, foi lançado em 1993. Antes disso, Frank Peterson teve alguns desentendimentos com Cretu e ele deixou o projeto em 1991. Cretu mudou de direção do Enigma de cantos gregorianos para cantos tribais para seu segundo álbum, e este levou ao single "Return to Innocence" com Peter Cornelius, que se tornou um sucesso mundial.
Cretu foi abordado por Paramount Pictures para escrever a trilha sonora do filme Sliver e ele veio com outra 1993 single "Carly's Song" após o nome do principal personagem feminina.
Em 1996, o terceiro álbum de Enigma Le Roi est mort, vive le Roi! foi lançado. Estrategicamente, soou como uma combinação dos primeiro e segundo álbuns, mas não conseguiu alcançar o mesmo nível de sucesso.
Em 1999, Cretu dirigiu o projeto em outra direção, utilizando amostras de Carmina Burana (Carl Orff) para o quarto álbum The Screen Behind the Mirror, lançado em 2000. Andru Donalds e Ruth-Ann Boyle apareceram pela primeira vez como características neste projeto Enigma. Embora Jens Gad vinha trabalhando com Cretu nos álbuns anteriores, esta foi a primeira vez que ele tinha dado créditos reais.
Ao decidir que o primeiro capítulo para Enigma foi fechado sob o rótulo Virgin Records, Cretu libera um conjunto de compilações: Love Sensuality Devotion: The Greatest Hits e Love Sensuality Devotion: The Collection Remix que incluem créditos a ATB.
Ele continuou o projeto Enigma, e em 2003 foi lançado o álbum Voyageur. O álbum tem uma sonoridade familiar da flauta shakuhachi, tribal, ou cantos gregorianos foram substituídos por músicas mais comercialmente amigáveis e com batida. Em março de 2006, um novo single chamado "Hello and Welcome", foi lançado em antecipação de um novo álbum, A posteriori, lançado em 22 de Setembro de 2006 e sendo o primeiro a não ter participação da Sandra que se separou em 2007.
No final de março de 2007, uma lista de remixes do álbum A posteriori foram lançado no iTunes. Esta compilação inclui 12 faixas remixadas por artistas como Boca Junior, Tocadisco, e etc. Algumas dessas faixas estavam disponíveis anteriormente na versão original do álbum no iTunes e dentro do DVD do álbum.
Em 19 de setembro de 2008, foi lançado o álbum Seven Lines Many Faces mundialmente. O single "Seven Lines" tem um misto de sonoridades modernas e clássicas.
MMX
Em 5 de outubro de 2010, para comemorar o 20º aniversário do primeiro álbum MCMXC a.D, o projeto "Enigma's Social Song" começou. Fãs foram convidados a apresentar os vocais da nova música. O público foram então convidados também a votar, com a apresentação vencedora "Fei mea" oferecida pela cantora da Letônia, Fox Lima, para o refrão.Os três finalistas: Mark Joshua, do Brasil, J. Spring, da Espanha, e Rasa Serra, da Lituânia, estiveram em outras partes importantes dos vocais, como a ponte, apoio e verso da versão final do single. Os fãs também influenciaram outras fases de criação da música, votando em elementos como um instrumento de chumbo, humor geral e estilo da pista.
O mix final do single chamado "The Song MMX Social", foi lançado em 15 de Dezembro de 2010 e se tornou a primeira canção criada por e para os fãs via internet.